Keberadaan prodi Pendidikan Agama Islam ini tidak dapat dilepaskan dari sejarah lahirnya Universitas Muhammadiyah Sidoarjo di tahun 1984.Fakultas Tarbiyah menjadi embrio berdirinya universitas ini, saat itu masih berbentuk sekolah tinggi (Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Sidoarjo), yang memiliki satu jurusan, Pendidikan Agama Islam. Pada bulan November 2000 STIT Muhammadiyah Sidoarjo berganti nama menjadi Fakultas Tarbiyah, yang merupakan bagian dari Universitas Muhammadiyah Sidoarjo seiring dengan turunnya SK Menteri Pendidikan Nasional yang mensahkan nama lembaga Universitas Muhammadiyah Sidoarjo.
Dalam usia yang cukup matang, Prodi PAI telah mencetak ribuan sarjana pendidikan Islam yang lulusannya telah tersebar ke berbagai daerah di Provinsi Jawa Timur, bahkan di provinsi lain, seperti NTB, NTT, dan Papua. Lulusan PAI berkiprah di masyarakat sebagai guru-guru PAI, Bahasa Arab di sekolah-sekolah atau madrasah untuk jenjang dasar dan menengah, negeri maupun swasta, penilik madrasah, kepala sekolah, dan pemimpin lembagai pendidikan lainnya.
| No. | Nama Pejabat | Tahun | Ket. Jabatan |
| 1 | Drs. Achmad Jainuri | 1984-1987 | Ketua STIT Muh Sidoarjo |
| 2 | Drs. Imam Bawani, MA. | 1987-1988 | Ketua STIT Muh Sidoarjo |
| 3 | Drs. Busyiri | 1988-1990 | Ketua STIT Muh Sidoarjo |
| 4 | Drs. A. Hamid | 1990-1994 | Ketua STIT Muh Sidoarjo |
| 5 | Drs. Mu’adz, M.Ag. | 1994-2000 | Ketua STIT Muh Sidoarjo |
| 6 | Drs. Mu’adz, M.Ag. | 2000-2002 | Kaprodi PAI |
| 7 | H. M. Musfiqon, S.Ag., M.Pd | 2002-2010 | Kaprodi PAI |
| 8 | Drs. Budi Haryanto, M.Pd | 2010-2011 | Kaprodi PAI |
| 9 | Dr. Nyong ETIS, M.Fil.I | 2011-2015 | Kaprodi PAI |
| 10 | Dr. Budi Haryanto, M.Pd | 2015-2018 | Kaprodi PAI |
| 11 | Imam Fauji,Lc., M.Pd | 2018-2019 | Kaprodi PAI |
| 12 | Dr. Anita Puji Astutik, M.Pd.I | 2019 – Sekarang | Kaprodi PAI |
Sejalan dengan perkembangan tuntutan masyarakat, PAI terus melakukan pembenahan guna menyempurnakan pelayanan akademik sehingga mampu mencetak mahasiswa menjadi calon-calon intelektual islami yang menguasai bidang keilmuan dan keahliannya serta menjadi pioner bagi kemajuan bangsa. Di masa yang akan datang keberadaan guru pendidikan Islam, dan sarjana-sarjana yang menguasai hukum Islam sangat dibutuhkan dalam memperkuat pembangunan karakter bangsa, tuntutan tersebut menjadi tantangan bagi PAI untuk mendidik calon-calon pendidik Islam dan sarjana keilmuan Islam yang terbaik.
Hal tersebut bukan merupakan angan-angan karena PAI memiliki dosen-dosen yang berpengalaman dengan masa pengabdian puluhan tahun, berpendidikan S3 dan S2 dari perguruan tinggi ternama dalam negeri dan Timur Tengah. Para pejabat yang memegang kendali dalam pengelolaan PAI sejak Desember 2016.
